Địa bàn xã Hòa Xuân Đông trước đây vốn là một phần xã Hòa Xuân thuộc huyện Tuy Hòa.

Ngày 27 tháng 8 năm 1994, chia xã Hòa Xuân thành 3 xã Hòa Xuân Đông, Hòa Xuân Tây và Hòa Xuân Nam.[4]

Ngày 16 tháng 5 năm 2005, huyện Tuy Hòa chia tách thành hai huyện Đông Hòa và Tây Hòa[5]. Xã Hòa Xuân Đông thuộc huyện Đông Hòa.

Ngày 1 tháng 6 năm 2020, thành lập thị xã Đông Hòa trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của huyện Đông Hòa[6]. Xã Hòa Xuân Đông thuộc thị xã Đông Hòa như hiện nay.